М.А. Ройтберг (1952 - 2017)

Главная

Биография

Личный архив

Научная деятельность

Публикации

Фотографии

Медиагалерея

Ссылки

Высшая школа

Учебные курсы

Научное руководство

Фотографии

Медиагалерея

Ссылки

Работа со школьниками

Учебные курсы

Публикации

Фотографии ЗПШ

Фотографии

Медиагалерея

Ссылки

Памяти М.А.Ройтберга

Воспоминания

Фотографии

Медиагалерея

Ссылки

Разное

Фотографии

Медиагалерея

Curriculum vitae

SPIN РИНЦ: 9399-2310

ORCID: 0000-0002-5848-367X

Web of Science ResearcherID: O-1299-2013

Scopus AuthorID: 6602080158

Google Scholar: qX5RPigAAAAJ

Math-Net.Ru: person19736

MathSciNet: AuthorID-149910

Алгоритмы сравнительного анализа первичных структур биополимеров : диссертация ... доктора физико-математических наук : 03.00.28 «биоинформатика» / Ройтберг Михаил Абрамович; [Место защиты: Ин-т проблем передачи информации РАН]. - Пущино, 2009. - 223 с.; OD 71 10-1/95 - Автореферат: PDF, DOC. Диссертация: PDF, DOC; Диплом; Поздравляем

Схемы алгоритмов и программ : диссертация ... кандидата физико-математических наук : 01.01.09 «теоретическая кибернетика» / Ройтберг Михаил Абрамович; [Место защиты: Вычислительный центр АН СССР]. - Москва, 1986.

Baulin E.F., Kulakovskiy I.V., Roytberg M.A., Astakhova T.V. (2020) Brain-related genes are specifically enriched with long phase 1 introns. PLoS ONE 10.1371/journal.pone.0233978

Baulin, E., Korinevskaya, A., Tikhonova, P., & Roytberg, M. (2019). Diverse RNA pseudoknots exist for short stems only. Mathematical Biology and Bioinformatics 2019. V. 14. № S. P. t37– t43. 10.17537/2019.14.t37 - pdf

Mikhailova D.S., Popova V.A., Baulin E.F., Roytberg M.A. (2019) Accounting for RNA secondary structure allows improved classification and prediction of RNA base triples. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'19) (Moscow, Russia July 27–30) 2019 - pdf

Баулин Е. Ф., Тихонова П. О., Ройтберг М. А. (2018) Предсказание сайтов связывания ионов магния с РНК методами машинного обучения. Доклады Международной конференции “Математическая биология и биоинформатика”. Под ред. В.Д. Лахно. Том 7. Пущино: ИМПБ РАН, 2018. Статья No e61. 10.17537/icmbb18.35 - pdf

Поверенная, И. В., Горев, Д. Д., Астахова, Т. В., Цитович, И. И., Яковлев, В. В., & Ройтберг, М. А. (2017). Слайдинг и вариабельность длины интронов для генов, обогащенных длинными интронами фазы 1. Математическая биология и биоинформатика, 12(2), 302-316. 10.17537/2017.12.302 - pdf

А.И. Аптекарев, А.Л. Афендиков, Ф.И. Атауллаханов, Н.К. Балабаев, В.Н. Бикташев, И.В. Бикташева, Р.М. Борисюк, Н.Д. Введенская, Р.Д. Дагкесаманский, Ю.Г. Зархин, Ю.С. Ильяшенко, В.Д. Лахно, В.Ю. Лунин, Н.Л. Лунина, Е.В. Николаев, В.С. Посвянский, М.А. Ройтберг, В.С. Рябенький, Л.Б. Ряшко, Я.Г. Синай, В.М. Тихомиров, А.А. Токарев, А.Г. Уржумцев, А.И. Хибник (2017) Памяти Эммануила Эльевича Шноля. Успехи математических наук, 72(1 (433), pp.197-208. 10.4213/rm9751 - pdf

Medvedeva A., Baulin E., Roytberg M. (2017) RNA triplexes within the known RNA 3D structures. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'17) (Moscow, Russia July 27–30) 2017 - pdf

Poverennaya I.V., Gorev D.D., Yacovlev V.V., Roytberg M.A. (2017) Exon-Intron Structure Database: a tool for intron analysis. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'17) (Moscow, Russia July 27–30) 2017 - pdf

Tikhonova P., Baulin E., Roytberg M. (2017) Short stems in RNA secondary structure. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'17) (Moscow, Russia July 27–30) 2017 - pdf,

Baulin, E., Yacovlev, V., Khachko, D., Spirin, S., & Roytberg, M. (2016). URS DataBase: universe of RNA structures and their motifs. Database, 2016. 10.1093/database/baw085 - pdf

Фурлетова, Е. И., & Ройтберг, М. А. (2016). О количестве перекрытий слов в паттернах. Математическая биология и биоинформатика, 11(1), С. 14-23. 10.17537/2016.11.14 - pdf

Poverennaya I.V., Gorev D.D., Astakhova T.V., Roytberg M.A. (2016) Intron evolution: sliding and variability of length. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology. BGRS\SB’2016 (Novosibirsk, Russia, 29 August - 2 September, 2016). p. 247 - pdf

Баулин Е.Ф., Кориневская А.В., Ройтберг М.А. (2016) Роль коротких стемов в образовании псевдоузловых структур РНК. Математическая биология и биоинформатика, доклады VI Международной конференции. под редакцией В.Д. Лахно. Пущино, 2016 - программа, poster

Баулин, Е. Ф., & Ройтберг, М. А. (2015). Стемовые мультиплеты: новый подход к описанию третичных мотивов РНК. Математическая биология и биоинформатика, 10(1), С. 54-59. 10.17537/2015.10.54 - pdf

Baulin E.F., Korinevskaya A.V., Roytberg M.A. (2015) Long-range stem-based RNA tertiary motifs. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'15) (Moscow, Russia July 16–19) 2015 - pdf

Poverennaia I.V., Astakhova T.V., Roytberg M.A. (2015) Investigation of exon-intron structure multiple alignments. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'15) (Moscow, Russia July 16–19) 2015 - pdf

Régnier, M., Furletova, E., Yakovlev, V., & Roytberg, M. (2014). Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models. Algorithms for Molecular Biology, 9(1), 25. 10.1186/s13015-014-0025-1 - pdf

Астахова, Т. В., Ройтберг, М. А., Цитович, И. И., & Яковлев, В. В. (2014). Закономерности, связанные с распределением длин интронов. Математическая биология и биоинформатика, 9(2), 482-490. 10.17537/2014.9.482 - pdf

Astakhova T.V., Tsitovich I.I., Yakovlev V.V., Roytberg M.A. (2014) Intron lengths and phases: regularities and database. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology. BGRS\SB’2014 (Novosibirsk, Russia, June 23—28, 2014). p. 25 - pdf

Baulin E.F., Spirin S., Roytberg M.A. (2014) Analysis and classification of nonstandard RNA motifs. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology. BGRS\SB’2014 (Novosibirsk, Russia, June 23—28, 2014). p. 27 - pdf

Баулин Е.Ф., Спирин С.А., Ройтберг М.А. (2014) Поиск элементов структур РНК. Математическая биология и биоинформатика, доклады V Международной конференции. под редакцией В.Д. Лахно. Пущино, 2014. С. 78-79. - pdf

Paperno D.A., Roytberg A.M., Khachko D.V., Roytberg M.A. (2013) Breeds of cooccurrence: an attempt at classification. Papers from the Annual International Conference “Dialogue”. 2013. Issue 12. Volume 1. pp. 568-578 - pdf

Astakhova T.V., Tsitovich I.I., Yacovlev V.V., Roytberg M.A. (2013) Dependence between lengths and phases of introns. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'13) (Moscow, Russia July 25–28) 2013 - abstract, poster

Baulin E.F., Roytberg M.A. (2013) The database of RNA secondary structure elements. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology (MCCMB'13) (Moscow, Russia July 25–28) 2013 - abstract, poster

Astakhova, T. V., Lobanov, M. N., Poverennaya, I. V., Roytberg, M. A., & Yacovlev, V. V. (2012). Verification of the PREFAB alignment database. Biophysics, 57(2), 133-137. 10.1134/S0006350912020030 - pdf

Баулин, Е. Ф., Астахова, Т. В., & Ройтберг, М. А. (2012). Классификация элементов вторичной структуры РНК. Математическая биология и биоинформатика, 7(2), 567-571. 10.17537/2012.7.567 - pdf

Roytberg M.A., Tsitovich I.I., Astakhova T.V. (2012) Intron length depends on phases of surroundung introns. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure \ Systems Biology. BGRS\SB’2012 (Novosibirsk, Russia, June 25—29, 2012). p. 271 - pdf

Polyanovsky, V. O., Roytberg, M. A., & Tumanyan, V. G. (2011). Comparative analysis of the quality of a global algorithm and a local algorithm for alignment of two sequences. Algorithms for molecular biology, 6(1), 25. 10.1186/1748-7188-6-25 - pdf

Roytberg, M. (2011). Quality of algorithms for sequence comparison. PReMI 2011: Pattern Recognition and Machine Intelligence. LNCS, volume 6744. Springer, Berlin, Heidelberg. pp. 17-20. 10.1007/978-3-642-21786-9_4 - pdf

Поверенная, И. В., Ройтберг, М. А., & Яковлев, В. В. (2011). Использование программы PARCA для глобального выравнивания аминокислотных последовательностей. Информационные процессы, 11(4), 510-519. - pdf

Furletova E., Regnier M., Roytberg M., Yacovlev V. (2011) An algorithm for exact probability of pattern occurrences calculation. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB’11 (Moscow, Russia, July 21-24) 2011, p. 320 - pdf

Astakhova T., Tsitovich I., Roytberg M. (2011) The influence of intron length on the intron phase distribution. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB’11 (Moscow, Russia, July 21-24) 2011, pp. 321-322 - pdf

Astakhova T., Malko D., Makeev V., Roytberg M. (2011) Comparative analysis of genomes of 12 species of Drosophila. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB’11 (Moscow, Russia, July 21-24) 2011, pp. 323-324 - pdf

Baulin E., Ivankov D., Roytberg M. (2011) Statistics of RNA structures. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB’11 (Moscow, Russia, July 21-24) 2011, pp. 325-326 - pdf

Poverennaya I., Lobanov M., Yacovlev V., Roytberg M. (2011) Using of PREFAB for analysis of amino-acid sequence alignment algorithms. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB’11 (Moscow, Russia, July 21-24) 2011, p. 327 - pdf

Perevedentsev P., Roytberg M., Spirin S. (2011) Analysis of distance matrices and construction of phylogenic trees. Proceedings of the International Moscow conference on computational molecular biology MCCMB’11 (Moscow, Russia, July 21-24) 2011, pp. 328-329 - pdf

Lobanov, M.Y., Furletova, E.I., Bogatyreva, N.S., Roytberg, M.A., & Galzitskaya, O.V. (2010). Library of disordered patterns in 3D protein structures. PLoS computational biology, 6(10). 10.1371/journal.pcbi.1000958 - pdf

Yakovlev, V. V., & Roytberg, M. A. (2010). Increasing the accuracy of global alignment of amino acid sequences by constructing a set of alignment candidates. Biophysics, 55(6), 891-900. 10.1134/S0006350910060011 - pdf

Roytberg, M. A. (2009). Computation of the probabilities of families of biological sequences. Biophysics, 54(5), 569-573. 10.1134/S0006350909050029 - pdf

Roytberg, M., Gambin, A., Noé, L., Lasota, S., Furletova, E., Szczurek, E., & Kucherov, G. (2009). On subset seeds for protein alignment. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 6(3), 483-494. 10.1109/TCBB.2009.4 - pdf

Regnier, M., Kirakossian, Z., Furletova, E., & Roytberg, M. (2009). A word counting graph. London Algorithmics 2008: Theory and Practice. Eds. Chan, J., Daykin, J.W. and Rahman M.S. London: College Publications. 2009. P. 10-43. inria-00437147 - pdf

T.V.Astahova, N.S.Bogatyreva, M.A.Roytberg (2009) Search for new genes of D.virilis and D.mojavensis. Proceedings of 4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'09)

Ivankov D.N., Roytberg M.A. (2009) Comparison of structure based and covariance-based secondary structures of 23S RNA. Proceedings of 4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'09)

Furletova E., Regnier M., Roytberg M. (2009) An average number of suffix-prefixes. Proceedings of 4th Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'09) - poster

Polyanovsky, V., Roytberg, M. A., & Tumanyan, V. G. (2008). Reconstruction of genuine pair-wise sequence alignment. Journal of Computational Biology, 15(4), 379-391. 10.1089/cmb.2007.0145 - pdf

Roytberg, M., Gambin, A., Noé, L., Lasota, S., Furletova, E., Szczurek, E., & Kucherov, G. (2008, July). Efficient seeding techniques for protein similarity search. Bioinformatics Research and Development, Second International Conference, BIRD 2008, Vienna, Austria, July 7-9, 2008, Proceedings. Communications in Computer and Information Science 13, Springer 2008, pp. 466-478 10.1007/978-3-540-70600-7_36 - pdf

Polyanovsky, V. O., Roytberg, M. A., & Tumanyan, V. G. (2008). A new approach to assessing the validity of indels in algorithmic pair alignments. Biophysics, 53(4), 253-255. 10.1134/S0006350908040015 - pdf

Korzinov, O. M., Astakhova, T. V., Vlasov, P. K., & Roytberg, M. A. (2008). Statistical analysis of DNA sequences in the neighborhood of splice sites. Molecular biology, 42(1), 133-145. 10.1134/S0026893308010202 - pdf

Furletova E., Roytberg M., Starikovskaya T. (2008) Nested arc-annotated sequences and strong fragments. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2008 (Novosibirsk, Russia, June 22—28, 2008). p. 76 - pdf

Furletova E., Kucherov G., Noe L., Roytberg M., Tsitovich I. (2008) Transitive subset seeds for protein alignment. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2008 (Novosibirsk, Russia, June 22—28, 2008). p. 77 - pdf

Polyanovsky V., Roytberg M., Tumanyan V. (2008) Quality of local and global pair-wise alignments of amino acid sequences. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2008 (Novosibirsk, Russia, June 22—28, 2008). p. 192 - pdf

Astakhova T., Makeev V., Malko D., Roytberg M. (2008) Statistical Analysis of Alignments of Drosophila Melanogaster Exons With Other Drosophila Species. Математическая биология и биоинформатика, доклады II Международной конференции. под редакцией В.Д. Лахно. Москва, 2008. С. 112-113. - pdf

Roytberg M.A. (2008) Seeds for sequence comparison. Proceedings of NETTAB 2008, Bioinformatics Methods for Biomedical Complex System Applications (May 19 - 21, 2008, Varenna, Como Lake, Italy) 2008. - источник, сохраненная копия

Backofen, R., Chen, S., Hermelin, D., Landau, G. M., Roytberg, M. A., Weimann, O., & Zhang, K. (2007). Locality and gaps in RNA comparison. Journal of Computational Biology, 14(8), 1074-1087. 10.1089/cmb.2007.0062 - pdf

Asthana, S., Roytberg, M., Stamatoyannopoulos, J., & Sunyaev, S. (2007). Analysis of sequence conservation at nucleotide resolution. PLoS computational biology, 3(12). 10.1371/journal.pcbi.0030254 - pdf

Kucherov, G., Noé, L., & Roytberg, M. (2007, July). Subset seed automaton. International conference on implementation and application of automata, Prague, Czech Republic. pp.180-191. 10.1007/978-3-540-76336-9_18 - pdf

Boeva, V., Clément, J., Régnier, M., Roytberg, M. A., & Makeev, V. J. (2007). Exact p-value calculation for heterotypic clusters of regulatory motifs and its application in computational annotation of cis-regulatory modules. Algorithms for molecular biology, 2(1), 13. 10.1186/1748-7188-2-13 - pdf

Furletova E., Kucherov G., Noé L., Roytberg M., Tsitovich I. (2007) Statisical approach to the design of subset seeds for protein alignment. Proceedings of 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)

Ilyichova O.V., Vlasov P.K., Roytberg M.A. (2007) RNA – Protein interactions and the secondary structure of RNA. Proceedings of 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)

Starikovskaya T.A., Roytberg M.A. (2007) Nested Arc-annotated Sequences and Strong Fragments. Proceedings of 3rd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'07)

Astakhova, T. V., Petrova, S. V., Tsitovich, I. I., & Roytberg, M. A. (2006). Recognition of coding regions in genome alignment. Bioinformatics of Genome Regulation and Structure II. Eds. N.Kolchanov and R. Hofestaedt. NY: Springer Science+Business Media. 2006. pp. 3-10. 10.1007/0-387-29455-4_1 - pdf

Ogurtsov, A. Y., Shabalina, S. A., Kondrashov, A. S., & Roytberg, M. A. (2006). Analysis of internal loops within the RNA secondary structure in almost quadratic time. Bioinformatics, 22(11), 1317-1324. 10.1093/bioinformatics/btl083 - pdf

Kucherov, G., Noé, L., & Roytberg, M. (2006). A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds. Journal of bioinformatics and computational biology, 4(02), 553-569. 10.1142/S0219720006001977 - pdf

Kucherov, G., Mironov, A. A., & Roytberg, M. A. (2006). An overview of the algorithmic session of MCCMB'05. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 4(2), xv. 10.1142/S0219720006002107 - pdf

Litvinov, I. I., Lobanov, M. Y., Mironov, A. A., Finkelshtein, A. V., & Roytberg, M. A. (2006). Information on the secondary structure improves the quality of protein sequence alignment. Molecular Biology, 40(3), 474-480. 10.1134/S0026893306030149 - pdf, источник

Ogurtsov A.Yu., Vasilchenko A.N., Vlasov P.K., Shabalina S.A., Kondrashov A.S., Roytberg M.A. (2006) OWEN-Script - extended tool for pairwise genome alignment. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2006 (Novosibirsk, Russia, July 16—22, 2006). Volume 1. pp. 122-125 - pdf

Litvinov I.I., Finkelshtein A.V., Roytberg M.A. (2006) Optimization of accuracy and confidence for alignment algorithms exploiting data on secondary structure. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2006 (Novosibirsk, Russia, July 16—22, 2006). Volume 1. pp. 289-293 - pdf

Hermelin D., Landau G.M., Roytberg M. (2006) Pair-Wise Sequence-Structure RNA Alignment with Affine Gap Penalty. Algorithms in Bioinformatics : Proceedings of the International Workshop (Moscow, July 11-13, 2006) Moscow: MCCME, Laboratoire J.V.Poncelet, 2006. 34-44 - источник, сохраненная копия

Polyanovsky V.O., Roytberg M.A., Tumanyan V.G. (2006) Quality of Pair-Wise Alignments of Protein Sequences. Algorithms in Bioinformatics : Proceedings of the International Workshop (Moscow, July 11-13, 2006) Moscow: MCCME, Laboratoire J.V.Poncelet, 2006. 62-64

Kucherov, G., Noé, L., & Roytberg, M. (2005). Multiseed lossless filtration. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2(1), 51-61. 10.1109/TCBB.2005.12 - pdf

Kucherov, G., Noé, L., & Roytberg, M. (2005). A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds. WABI, R. Casadio and G. Myers (Eds.): WABI 2005, LNBI 3692, pp. 251–263, 2005. Majorca/Spain, Spain. inria-00001164 10.1007/11557067_21 - pdf

Gukov I.M., Astahova T.V., Roytberg M.A., Tsitovich I.I. (2005) “One Shift” Alignments of Biological Sequences and their Statistics. Proceedings of 2nd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'05) - pdf

Ogurtsov A., Shabalina S., Kondrashov A., Roytberg M. (2005) RNA secondary structure and internal loops. Proceedings of 2nd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'05) - pdf

Polyanovsky V.O., Tumanyan V.G., Roytberg M.A. (2005) Statistical approach to estimation of pairwise alignment reliability. Proceedings of 2nd Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'05) - pdf

Kucherov, G., Noé, L., & Roytberg, M. (2004, July). Multi-seed lossless filtration. Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching - CPM'2004, Istambul, Turkey. pp.297-310. 10.1007/978-3-540-27801-6_22 - pdf

Kucherov, G., Noé, L., & Roytberg, M. (2004). A unifying framework for seed sensitivity and its application to subset seeds. [Research Report] RR-5374, INRIA. pp.21. inria-00070629 - pdf

Roytberg, M. A. (2004). Comparative analysis of nucleic acid and protein primary structures. Molecular Biology, 38(1), 78-88. 10.1023/B:MBIL.0000015142.33879.82 - pdf

Sunyaev, S. R., Bogopolsky, G. A., Oleynikova, N. V., Vlasov, P. K., Finkelstein, A. V., & Roytberg, M. A. (2004). From analysis of protein structural alignments toward a novel approach to align protein sequences. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 54(3), 569-582. 10.1002/prot.10503 - pdf

Astakhova T.V., Petrova S.V., Tsitovich I.I., Roytberg M.A. (2004) Recognition of coding regions in genome alignment. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2004 (Novosibirsk, Russia, July 25—30, 2004). Volume 1. pp. 30-33 - pdf

Litvinov I.I., Mironov A.A., Finkelstein A.V., Roytberg M.A. (2004) Information about secondary structure improves quality of protein alignment. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2004 (Novosibirsk, Russia, July 25—30, 2004). Volume 1. pp. 303-306 - pdf

Litvinov I.I., Finkelstein A.V., Roytberg M.A. (2003) Protein sequence alignment based on information about proteins' secondary structures. Proceedings of 1st Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'03)

Sunyaev Sh.R., Bogopolsky G.A., Oleynikova N.V., Vlasov P.K., Finkelstein A.V., Roytberg M.A. (2003) Anchor-based alignment of sequences and profiles: accuracy and effectiveness. Proceedings of 1st Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB'03)

Roytberg, M. A., Ogurtsov, A. Y., Shabalina, S. A., & Kondrashov, A. S. (2002). A hierarchical approach to aligning collinear regions of genomes. Bioinformatics, 18(12), 1673-1680. 10.1093/bioinformatics/18.12.1673 - pdf

Ogurtsov, A. Y., Roytberg, M. A., Shabalina, S. A., & Kondrashov, A. S. (2002). OWEN: aligning long collinear regions of genomes. Bioinformatics, 18(12), 1703-1704. 10.1093/bioinformatics/18.12.1703 - pdf

Sunyaev Sh.R., Bogopolsky G.A., Oleynikova N.V., Vlasov P.K., Finkelstein A.V., Roytberg M.A. (2002) Anchor-based alignment method for the sequence vs sequence and profile vs. sequence alignment. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2002 (Novosibirsk, Russia, July 14—20, 2002). Volume 3. pp. 93-96 - pdf

Астахова, Т. В., Олейникова, Н. В., & Ройтберг, М. А. (2002). Сравнительный анализ информационных биополимеров. Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии. Лахно В.Д., Устинин М.Н. (ред.). Сер. "Компьютинг в математике, физике, биологии" Москва-Ижевск, 2002. С. 433-457. pdf

Bogopolsky G.A., Finkelstein A.V., Oleinikova N.V., Roytberg M.A., Sunyaev Sh.R., Vlasov P.K. (2002) How similar are aminoacid sequences of the proteins with the common fold? 5th International congress of mathematical modeling. ICMM-V. (Sept. 30-Octob. 6 2002, Dubna) 2002. 192

Litvinov I.I., Finkelstein A.V., Roytberg M.A. (2002) The method of the amino acid sequences alignment, taking into account the information about proteins' secondary structures. 5th International congress of mathematical modeling. ICMM-V. (Sept. 30-Octob. 6 2002, Dubna) 2002. 211

Кондрашов А.С., Огурцов А.Ю., Ройтберг М.А., Цитович И.И. (2002) Поиск локальных сходств в геномной ДНК на основе явно сформулированных статистических гипотез. Геном человека-2001. Сборник отчетов по ГНТП Москва, 2002. 43

Ройтберг M.А., Кондрашов А.С., Шабалина С.А., Огурцов А.Ю.,Петрова С.В., Астахова Т.В. (2002) Верификация выравниваний синтенных участков геномов родственных организмов. Геном человека-2001. Сборник отчетов по ГНТП Москва, 2002. 55-56

Makeev, V., Ramensky, V., Gelfand, M., Roytberg, M., & Tumanyan, V. (2001). Bayesian approach to DNA segmentation into regions with different average nucleotide composition. JOBIM 2000: Computational Biology. LNCS, volume 2066. Springer, Berlin, Heidelberg. pp. 57-73. 10.1007/3-540-45727-5_6 - pdf

Ramensky, V. E., Makeev, V. J., Roytberg, M. A., & Tumanyan, V. G. (2001). Segmentation of long genomic sequences into domains with homogeneous composition with BASIO software. Bioinformatics, 17(11), 1065-1066. 10.1093/bioinformatics/17.11.1065 - pdf

Kister, A. E., Roytberg, M. A., Chothia, C., Vasiliev, J. M., & Gelfand, I. M. (2001). The sequence determinants of cadherin molecules. Protein Science, 10(9), 1801-1810. 10.1110/ps.37001 - pdf

Ройтберг, М. А. (2001). Биоалгоритмика. Компьютерра, (36), 164-165. - источник, сохраненная копия

Oleynikova N.V., Bogopolsky G.A., Vlasov P.K., Sunyaev Sh.R., Roytberg M.A. (2001) Accuracy of the pairwise protein sequence alignment: From the observations to a new approach. Artificial Intelligence and Heuristic Methods for Bioinformatics. NATO Advanced Studies Institute. San Miniato, Italy. October 1-11, 2001. PS-8 - источник, сохраненная копия

Богопольский Г.В., Власов П.К., Олейникова Н.В., Ройтберг М.А., Сюняев Ш.Р. (2001) Определение сходства пространственных структур белков на основе сопоставления их аминокислотных последовательностей. Геном человека-2000. Сборник отчетов по ГНТП Москва, 2001. 145

Ройтберг М.А., Петрова С.В., Астахова Т.В., Кондрашов А.С. (2001) Распознавание экзон-интронной структуры по выравниванию ДНК родственных организмов. Геном человека-2000. Сборник отчетов по ГНТП Москва, 2001. 163

Ramensky, V. E., Makeev, V. J., Roytberg, M. A., & Tumanyan, V. G. (2000). DNA segmentation through the Bayesian approach. Journal of Computational Biology, 7(1-2), 215-231. 10.1089/10665270050081487 - pdf

Ramensky V.E., Makeev V.Ju., Roytberg M.A., Tumanyan V.G. (2000) BASIO: a software system for segmentation of biological sequences into domains with homogenous composition. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’2000 (Novosibirsk, Russia, August 7—11, 2000). Volume 2. pp. 98-99 - pdf

Roytberg M. Finkelshtein A., Sunyaev Sh., Bogopolsky G., Vlasov P., Oleynikova N. (2000) Accuracy of the pair-wise protein sequence alignment. From the observation to a new approach. Workshop "Bioinformatics and Protein Classification", 15-16 Dec 2000. New Brunswik, USA: DIMACS, 2000.

Mironov, A. A., Koonin, E. V., Roytberg, M. A., & Gelfand, M. S. (1999). Computer analysis of transcription regulatory patterns in completely sequenced bacterial genomes. Nucleic Acids Research, 27(14), 2981-2989. 10.1093/nar/27.14.2981 - pdf

Ройтберг, М. А., Семионенков, М. Н., & Таболина, О. Ю. (1999). Парето-оптимальные выравнивания биологических последовательностей. Биофизика, 44(4), 581-594. PMID: 10544806

В.И. Арнольд, Р.М. Борисюк, И.М. Гельфанд, Ю.С. Ильяшенко, В.Ю. Лунин, Е.В. Николаев, Ю.Б. Радвогин, М.А. Ройтберг, Я.Г. Синай, А.И. Хибник, (1999). Эммануил Эльевич Шноль (к семидесятилетию со дня рождения). Успехи математических наук, 54(3 (327), 199-204. 10.4213/rm177 - pdf

Сюняев Ш.Р., Родченков И.В., Богопольский Г.А., Власов П.К., Ройтберг М.А., Кузнецов Е.Н., Туманян В.Г. (1999) Идентификация трехмерной структуры белков по одномерной с использованием неявных гомологий путем сравнения с профилем известных семейств. II съезд биофизиков России. Тезисы. М., 1999. (раздел 12: Компьютеры и новая биология) - источник, сохраненная копия

Раменский В.Е., Макеев В.Ю., Ройтберг М.А., Туманян В.Г. (1999) Оптимальная сегментация нуклеотидных последовательностей на блоки с однородным составом. II съезд биофизиков России. Тезисы. М., 1999. (раздел 12: Компьютеры и новая биология) - источник, сохраненная копия

Sze, S. H., Roytberg, M. A., Gelfand, M. S., Mironov, A. A., Astakhova, T. V., & Pevzner, P. A. (1998). Algorithms and software for support of gene identification experiments. Bioinformatics (Oxford, England), 14(1), 14-19. 10.1093/bioinformatics/14.1.14 - pdf

Mironov, A. A., Roytberg, M. A., Pevzner, P. A., & Gelfand, M. S. (1998). Performance-guarantee gene predictions via spliced alignment. Genomics, 51(3), 332-339. 10.1006/geno.1998.5251 - pdf

Astakhova T.V., Gelfand M.S., Roytberg M.A. (1998) Some problems of gene recognition in protist DNA. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’1998 (Novosibirsk, Russia, August 24—31, 1998) - источник, сохраненная копия

Roytberg M.A., Semionenkov M.N., Tabolina O.Yu. (1998) Sequence alignment without gap penalties. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics of Genome Regulation and Structure. BGRS’1998 (Novosibirsk, Russia, August 24—31, 1998) - источник, сохраненная копия

Roytberg M.A. (1998) On the number of optimality regions in parametric sequence alignment. Theoretical Biophysics. Current Topics. TBCT'98, International conference, Moscow State University, 16-20 June 1998 - источник, сохраненная копия

Roytberg M.A. (1998) Pareto-optimal alignments of symbol sequences. Theoretical Biophysics. Current Topics. TBCT'98, International conference, Moscow State University, 16-20 June 1998 - источник, сохраненная копия

Roytberg M.A., Semionenkov M.N. (1998) SimSim - the interpretator for biosequence analyses. Theoretical Biophysics. Current Topics. TBCT'98, International conference, Moscow State University, 16-20 June 1998 - источник, сохраненная копия

Roytberg M.A., Semionenkov M.N., Tabolina O.Yu. (1998) How to find gaps without gap penalty? Theoretical Biophysics. Current Topics. TBCT'98, International conference, Moscow State University, 16-20 June 1998 - источник, сохраненная копия

Гельфанд М.С., Миронов А.А., Ройтберг М.А., Певзнер П.А., Астахова Т.В. (1998) Комплекс программ для распознавания белок кодирующих областей в ДНК человека. Восьмая итоговая конференция "Геном человека". Черноголовка. 1998. 43

Roytberg, M. A., Astakhova, T. V., & Gelfand, M. S. (1997). Combinatorial approaches to gene recognition. Computers & chemistry, 21(4), 229-235. 10.1016/S0097-8485(96)00034-4 - pdf

Ройтберг, М. А., Астахова, Т. В., & Гельфанд, М. С. (1997). Алгоритм высокоспецифичного распознавания белок-кодирующих областей в последовательностях высших эукариот. Молекулярная биология, 31(1), 26-32. PMID: 9173242, источник

Gelfand, M. S., Podolsky, L. I., Astakhova, T. V., & Roytberg, M. A. (1996). Recognition of genes in human DNA sequences. Journal of Computational Biology, 3(2), 223-234. 10.1089/cmb.1996.3.223 - pdf

Gelfand M.S., Astakhova T.V., Roytberg M.A. (1996). An algorithm for highly specific recognition of protein-coding regions. Genome Informatics, 7, 82-87. 10.11234/gi1990.7.82 - pdf

Ройтберг, М. А., Семионенков, М. Н., & Фомин, Д. О. (1996). SimSim-открытая система для анализа биополимеров. Геном человека-96 (pp. 102-102).

Ройтберг, М. А., Астахова, Т. В., & Гельфанд, М. С. (1996). Надежное распознавание белок-кодирующих областей и конструирование олигонуклеотидных зондов. Геном человека-96 (pp. 103-104).

Nazipova, N. N., Shabalina, S. A., Ogurtsov, A. Y., Kondrashov, A. S., Roytberg, M. A., Buryakov, G. V., & Vernoslov, S. E. (1995). SAMSON: a software package for the biopolymer primary structure analysis. Bioinformatics, 11(4), 423-426. 10.1093/bioinformatics/11.4.423 - pdf

Gelfand, M. S., Podolsky, L. I., Astakhova, T. V., & Roytberg, M. A. (1995). Prediction of the exon-intron structure and multicriterial optimization. Bioinformatics & Genome Research. Eds. H.A.Lim, C.R.Cantor. Singapore: World Scientific Publ. Co. 1995. P. 173-183. 10.1142/9789814532266

Roytberg, M. A. (1995). Pareto-optimal alignments of DNA and protein sequences. Математика. Компьютер. Образование. Международная конференция. Тезисы. С. 141

Gelfand, M. S., & Roytberg, M. A. (1995). Dynamic programming for gene recognition. Математические методы распознавания образов. ММРО-7, 25-30 сентября 1995 г., Пущино, pp. 85-86

Нурминская, М. В., Калебина, Т. С., Ройтберг, М. А., & Кулаев, И. С. (1994). Распространение в геномах микроорганизмов фрагментов гомологичных кДНК про-α1 (1) коллагена цыпленка. Микробиология, 63(1), 86-89. PMID: 8183122

Roytberg, M. A. (1994). Pareto-optimal alignments of symbol sequences. Preprint, Pushchino.

М.А.Ройтберг (1994) Метод динамического программирования в задачах молекулярной биологии. Препринт, Российская академия наук, Пущинский научный центр, Институт математических проблем биологии. Пущино, 1994. - 18 c. - 100 экз. - Б. ц. Держатели документа: ГПНТБ России. Экз-ры: хр(1) ГРНТИ: 34.05 УДК: 57:51(04)

Finkelstein, A. V., & Roytberg, M. A. (1993). Computation of biopolymers: a general approach to different problems. BioSystems, 30(1-3), 1-19. 10.1016/0303-2647(93)90058-K - pdf

Gelfand, M. S., & Roytberg, M. A. (1993). Prediction of the exon-intron structure by a dynamic programming approach. BioSystems, 30(1-3), 173-182. 10.1016/0303-2647(93)90069-O - pdf

Подольский Л.И., Ройтберг М.А., Гельфанд М.С. (1993). Предсказание экзон-интронной структуры и динамическое программирование над недистрибутивными полукольцами. Геном человека-93. Третья конференция. 1993. С. 130

Ройтберг М.А. (1993). Еще один подход к задаче выравнивания последовательностей: больше сходств, меньше делеций и никаких весовых коэффициентов. Геном человека-93. Третья конференция. 1993. С. 135

Roytberg, M. A. (1992). A search for common patterns in many sequences. Bioinformatics, 8(1), 57-64. 10.1093/bioinformatics/8.1.57 - pdf

Roytberg M.A. (1992) Fast algorithm for optimal aligning of symbol sequences. Mathematical methods of the analysis of biopolymer sequences. Ed. S.G. Gindikin, Vol. 8, 1992, pp. 113-126. 10.1090/dimacs/008/08

Beridze, T., Tsirekidze, N., & Roytberg, M. A. (1992). On the tertiary structure of satellite DNA. Biochimie, 74(2), 187-194. 10.1016/0300-9084(92)90045-G - pdf

Roytberg M.A. (1992) Similarity Search in Biological Sequences. Modelling and Computer Methods in Molecular Biology and Genetics Eds. V.A.Ratner and N.A. Kolchanov. NY: Nova Science Publishers, Inc. 1992. P. 81-86.

Левитин, В. В., & Ройтберг, М. А. (1991). Новая программа для сравнительного анализа биологических последовательностей. Вторая Всесоюзная конференция «Геном человека-91» (Переславль-Залесский, 3—8 октября 1991 г.) С. 159-160.

Вернослов, С. Е., Кондрашов, А. С., Ройтберг, М. А., Шабалина, С. А., Юрьева, О. В., & Назипова, Н. Н. (1990). Пакет программ для анализа первичных структур биополимеров САМСОН. Молекулярная биология, 24(2), 524-529. PMID: 2362593, источник

Shabalina, S. A., Roytberg, M. A., Kondrashov, A. S., & Vernoslov, S. E. (1990). Some characteristic features of 5'-regulatory regions of heat shock protein genes. Modelling and Computer Methods in Molecular Biology and Genetics. Abstracts of the International Conference. Edited by N.A. Kolchanov, V.A. Ratner. 1990. (pp. 16-18)

Ройтберг, М. А. (1990). Поиск сходных фрагментов в нескольких последовательностях. Геном человека. Первая Всесоюзная конференция. 1990. С. 209-210

Вернослов, С. Е., Кондрашов, А. С., Ройтберг, М. А., Шабалина, С. А., Юрьева, О. В., & Назипова, Н. Н. (1989). Пакет программ для анализа первичных структур биополимеров "САМСОН". Материалы по математическому обеспечению ЭВМ. Академия наук СССР, Научный центр биологических исследований, Научно-исследовательский вычислительный центр. - Том. Выпуск 14 - Сер. ЕС ЭВМ

Финкельштейн А.В., Ройтберг М.А. (1985) Математические методы исследования первичных структур биополимеров. Пространственное строение биополимеров и их первичная структура. Препринт. Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 31с. 1985.

Ройтберг М.А. (1984) Сложность распознавания симметрии на машинах Тьюринга с плоской линзой. Препринт. Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 17с. 1984.

Ройтберг М.А. (1984) Алгоритм определения гомологии первичных структур. Препринт. Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 25с. 1984.

Левитин В.В., Ройтберг М.А. (1983) Глобальное распределение регистров при генерации объектного кода. Препринт. Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 21с. 1983.

Ройтберг М.А. (1982) Схемы Янова над магазинной памятью и семейство деревьев. В кн.: Автоматы. Алгоритмы. Языки. Изд-во Калининского университета, 1982. С. 103-106.

Громов Г.Р., Ширшиков Н.В., Литвиненко Л.А., Ройтберг М.А., Макеева Е.В. (1982) Диалоговый информационно-измерительный комплекс «Альфа-60». — В кн.: Всесоюзная конференция «Диалог-82-микро». Тез. докл. Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 1982, с. 52—53. title

Громов Г.Р., Ройтберг М.А., Фирсова Н.Г., Шкадов В.Я. (1981) "ДИАНЭД-4" - инструмент для создания диалоговых систем. Материалы по математическому обеспечению ЭВМ 1981 вып.7 38с. Пущино ОНТИ НЦБИ АН СССР серия ФОРТРАН - title

Ройтберг М.А. (1981) Сложность различения регулярных выражений в системах алгоритмических алгебр. Proceeding of the 3rd Hungarian Computer Science Conference, Budapest, 1981. С. 247-261.

Громов Г.Р., Ройтберг М.А. (1979) Опыт разработки диалоговой программной системы для мини-ЭВМ СМ-3, СМ-4 В сб. трудов советско-финского симпозиума "Интерактивные системы" 1979. c. 77-83 Тбилиси. [Gregory Gromov, Michael Roitberg. The development of dialogue software for mini-computers SM-3, SM-4 (PDP-11). Proceedings Russian-Finnish Conference: "Interactive Systems" . Tbilisi, 1979 p. 77-83]

Громов Г.Р., Ройтберг М.А. (1979) Инструментальные средства диалоговой организации пакетов прикладных программ. Материалы второго всесоюзного совещания "Диалоговые вычислительные комплексы", "Диалог-79" (Протвино, 4-7 сент. 1979) Серпухов: ИФВЭ, 1979. С. 372-378.

Громов Г.Р., Ройтберг М.А. (1978) ДИАНЭД - система диалогового анализа экспериментальных данных.. вып. 2. Инструкции по написакнию прикладных программ. . Материалы по математическому обеспечению ЭВМ. 30с. Пущино ОНТИ НЦБИ АН СССР. серия мини-ЭВМ, 1978. [Gregory Gromov, Michael Roitberg. DIANED - Dialogue Analysis of Experimental Data. v. 2 The developers' manual 30 p. Scientific Biological Center, Puschino, 1978] - pdf

Коваленко В.Н., Королев В.А., Тимофеева О.B., Мальцев В.А., Ройтберг М.А., Шноль Э.Э (1978) Автоматизированная информационно-справочная система контроля исполнения СКИ-77. Материалы по математическому обеспечению ЭВМ, серия ЕС-ЭВМ -Пущино: ОНТИ НЦБИ АН СССР, 25с. 1978.

Ройтберг, М. А. (1978). Схемы автоматов и реализуемые ими отображения. Автоматика и телемеханика, (4), 151-160. - pdf

Roytberg, M. (1977, September). The equivalence of schemata with some feedbacks. International Conference on Fundamentals of Computation Theory, Poznan-Kornik (pp. 166-170). LNCS, v.56. Springer, Berlin, Heidelberg. 10.1007/3-540-08442-8_82 - pdf

Бесекерский, В. А., Дедус, Ф. Ф., & Ройтберг, М. А. (1977). Сжатие информации и идентификация на основе ортогональных разложений. Труды Ленинградского ИАП.

Громов Г.Р., Ройтберг М.А. (1977) ДИАНЭД - система диалогового анализа экспериментальных данных. 1. Структура системы и принципы функционирования. Материалы по математическому обеспечению ЭВМ. вып.1,. 42с. Пущино ОНТИ НЦБИ АН СССР. серия мини-ЭВМ, 1977. [Gregory Gromov, Michael Roitberg. DIANED - Dialogue Analysis of Experimental Data. 1. The system"s basic functionality and structure. Series: Software Systems. vol. 1. 42 p. Scientific Biological Center, Puschino, 1977] - title

Ройтберг, М. А. (1977). Эквивалентность схем с одной обратной связью. Проблемы передачи информации, 13(2), 83-89. - pdf

Данная версия сайта, посвященного памяти М.А.Ройтберга,
поддерживается сотрудниками Лаборатории прикладной математики ИМПБ РАН
Баулин Евгений, email: baulin@lpm.org.ru